1、疼痛。疼痛是冷凍治療時常有的不良反應，幾乎都有程度不同的疼痛，多數情況下疼痛是能夠忍受的，但也有不少患者疼痛劇烈難于忍受，有的疼痛者難以入睡，有的則會發生疼痛性休克。
2、水皰、血皰。解凍后局部出現輕度腫脹、小水皰或血皰是冷凍術后常有的不良反應，一般不需要特別處理，1~3天后會逐漸消退。對冷凍術后局部腫脹嚴重、起大水皰或血皰，疼痛減輕后又復加重時，應引起重視，多為頭面、手足部位病灶較大。
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3、繼發感染。由于冷凍治療過量或術后護理不當，水/血泡、血疤擦破或挑破，可引起滲液、糜爛、感染、甚至潰瘍。
4、色素沉著。色素沉著是冷凍術后的常見并發癥，其形成原因與冷凍劑量過大、癡皮提早強行剝脫、日光照射、體質因素和飲食習慣等有關，如扁平疣、雀斑、有色斑冷凍愈后留有的色素沉著。對于冷凍術后的色素沉著，一般3~6個月后可逐漸變淡或消失。
5、色素減退/脫失。冷凍治療后局部引起色素減退常是由于病灶較深使用冷凍劑量較大，以致色素缺失，多數可在3~6個月逐漸恢復正常，但有的始終變白不消退，甚至毛發亦變白，嚴重影響美觀。
6、疤痕。疤痕形成常是病灶較大較深、冷凍劑量較大、術后感染等因素造成，在術前應告知患者留疤可能（如血管瘤），但操作應謹慎細致，術后防止感染是減輕或避免疤痕的有效措施。
7、其他。冷凍過程中偶有患者會發生蕁麻疹、頭痛、發熱、過敏反應、心眼反應、心臟傳導阻滯等不良事件。
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